I cinque elementi della natura sono terra, acqua, fuoco, vento, fulmine. La maggior parte dei ninja hanno un'affinità naturale con un tipo di chakra, ma hanno la capacità di creare un chakra elementale diverso da quello col quale hanno più affinità. Kakashi ha asserito che i Jonin normalmente ne hanno almeno due. Ogni elemento è contemporaneamente più forte e più debole di un altro. L'ordine è fuoco, vento, fulmine, terra, acqua, ognuno di questi è debole nei confronti di quello che lo precede e più forte nei confronti di quello successivo (l'acqua batte il fuoco ma è battuta dalla terra). Le tecniche elementali possono essere contrastate da tecniche dello stesso elemento, sempre che la tecnica che viene contrastata sia di uguale o minore potenza. La tipologia di affinità di una persona può essere rilevata tramite l'uso di uno speciale foglio, ricavato da alberi molto sensibili al chakra. Questo foglio a seconda di come reagisca se viene immesso del chakra al suo interno, determina il tipo di chakra dell'utilizzatore. Il foglietto può bruciare, tagliarsi in due parti, bagnarsi, accartocciarsi o ridursi in polvere, determinando le nature fuoco, vento, acqua, fulmine e terra rispettivamente. 
La generazione di elementi unici attraverso l'impasto di elementi base, come il ghiaccio dall'unione del vento e dell'acqua o il legno unendo il chakra di tipo terra con quello di tipo acqua, è qualcosa che esula dalle normali capacità dei ninja. Infatti benché la maggior parte dei ninja siano capaci di produrre diversi tipi di chakra, non sono capaci di combinarli per crearne uno nuovo. La capacità di creare un nuovo elemento fondendone due è definita "Abilità innata".