Clan Non Appartenenti al Villaggio della Foglia

Villaggio: Villaggio del Vortice
Membri conosciuti: Mito Uzumaki, Kushina Uzumaki, Naruto Uzumaki, Nagato Uzumaki, Leader del Clan Uzumaki

Il Clan Uzumaki era il principale clan del Villaggio. Vantava una remota parentela di sangue con il Clan Senju di Konoha, e questo fu alla base della secolare alleanza fra i paesi del Vortice e del Fuoco. Il Clan era dotato di una particolare abilità innata: un chakra speciale capace di sopprimere quello dei Cercoteri. Proprio per questo le prime due Forze portanti della Volpe a Nove Code, furono scelti fra i membri di questo clan, oltre che per rafforzare ulteriolmente il legame con la Foglia. La madre di Naruto Uzumaki, nonchè moglie del Quarto Hokage, Kushina Uzumaki, era una di queste due Forze portanti, e quindi proveniva da questo villaggio. Stessa cosa per l'altra Forza portante, Mito Uzumaki, moglie del Primo Hokage. Il simbolo del Clan era lo stesso del Villaggio: un vortice. Tale simbolo è usato tutt'ora dal Villaggio della Foglia sulle uniformi di Chunin e Jonin, per indicare lealtà e amicizia. E' anche presente sui vestiti di Naruto, a indicare la sua appartenenza al Clan Uzumaki.

Il Clan Fuuma è conosciuto per la sua tecnica degli shuriken, che consiste nel lancio consecutivo di vari kunai e un grande shuriken. L'unico membro del clan conosciuto è un ninja che verrà poi fatto diventare da Nagato il primo corpo del regno Animale. Jiraiya lo incontrò dopo aver visto un villaggio in fiamme.

Villaggio: Villaggio della Nebbia
Membri conosciuti: Mangetsu Hozuki, Secondo Mizukage, Suigetsu Hozuki

Il Clan Hozuki è un clan proveniente dal Villaggio della Nebbia di cui si conoscono solo 2 membri. I membri del clan hanno la capacità di usare la Tecnica dell'Idratazione che permette di trasformare il proprio corpo in acqua.

Villaggio: Sconosciuto
Membri conosciuti: Kimimaro Kaguya

Il Clan Kaguya possedeva un'abilità innata che gli permetteva di controllare la crescita delle ossa. Questo clan fu sterminato dal Villaggio della nebbia quando il clan gli mosse guerra. La ragione dell'attacco era il solo amore per la guerra. Del clan l'unico superstite fu Kimimaro Kaguya, ma ora il clan è estinto, in quanto Kimimaro è deceduto, stroncato da una malattia.

Villaggio: Villaggio della Sabbia
Membri conosciuti: Sasori, Chiyo, Ebizo

Il Clan della sabbia rossa è l'unico clan ad usare le marionette. Fa parte del Villaggio della Sabbia e usa le marionette come armi manovrandole con dei fili di chakra collegati a ogni punta delle dita l'unico a utilizzare le marionette fuori dal clan è Kankuro  che viene battuto da Sasori in una battaglia per riprendersi Gaara dal rapimento. Sasori fa parte dell'Akatsuki, muore in seguito a una battaglia contro sua nonna Chiyo e Sakura.

Villaggio: Paese dell'acqua
Membri conosciuti: Haku, La madre di Haku

II Clan Yuki viveva nel Paese dell'acqua. Dopo la guerra tutti avevano paura delle Abilità innate, quindi i membri del Clan Yuki, che possono usare l'arte del ghiaccio, si son dovuti nascondere. Haku e la madre erano gli unici membri conosciuti del clan.

Villaggio: Villaggio del Suono
Membri conosciuti: Sasame, Arashi, Jigumo, Kamikiri, Kagero, Kotohime, Hanzaki.

II Clan Fuuma è un clan di ninja che vivevano nel Paese delle Risaie. Alcuni dei suoi membri più potenti erano stati ingannati da Orochimaru, che aveva promesso di ristabilire il loro clan, e furono usati come cavie per i suoi esperimenti.

Villaggio: Villaggio della Roccia
Membri conosciuti: Primo Tsuchikage, Suzumebachi, Jibachi, Kurobaki

Il Clan Kamizuru è un clan del Villaggio della Roccia che una volta era molto conosciuto. Prima dell'inizio della serie, hanno tentato di condurre un'invasione nel Villaggio della Foglia, per essere respinti e in gran parte uccisi dal clan Aburame, A quanto pare, il Primo Tsuchikage è stato uno dei suoi membri.

II Clan Kedoin viene visto solo una volta durante una saga filler della Prima Serie. I membri del clan hanno l'abilità di copiare l'aspetto fisico e il viso di qualcuno.

Villaggio: Villaggio del Suono
Membri conosciuti: Menma, Shiin

Il Clan Shiin è uno dei clan principali del Paese delle Risaie, poi divenuto Paese del Suono, comandato da Shiin. Tutti i membri del gruppo hanno un tatuaggio sul braccio destro che si manifesta col sudore. Il clan è stato sconfitto e catturato grazie al sacrificio di Menma. Sembra basino le loro tecniche sul suono degli strumenti

Villaggio: Villaggio dei Tsuchigumo
Membri conosciuti: En no Gyoja, Hato, Hotaru, Shiranami, Tonbee.

Il Clan Tsuchigumo è un clan che ha stipulato un patto con il Terzo Hokage durante la Terza Grande Guerra degli Shinobi. Il leader del clan allora i  carica era En no Gyoja, che aveva sviluppato uno jutsu chiamato Furore che avrebbe potuto spazzare via un intero villaggio. Stando alle condizioni del patto con il Terzo Hokage, En no Gyoja ha dichiarato il suo jutsu tecnica proibita, in cambio della protezione fornita da Konoha in quei tempi. Il clan ha un piccolo forte sul Monte Katsuragi che è circondato da una barriera e da un campo con molte trappole nascoste. Inoltre, hanno anche un loro villaggio nascosto. Durante la Terza Grande Guerra degli Shinobi, il clan Tsuchigumo è stato riconosciuto come un fiero e potente clan, perché possedeva il suo potente kinjutsu. Anche se sono stati spesso presi di mira per questo motivo, portando all'uccisone di molti membri del clan, solo pochi membri del clan sono ancora in grado di utilizzare il jutsu proibito. Dato che il clan si era indebolito e dato che En no Gyoja e l'anziano del villaggio avevano divergenze sulla sopravvivenza del clan, si instaurò una scissione del clan in due gruppi, uno, formato da pochi membri, nel villaggio del clan Tsuchigumo, e l'altro, molto numeroso e guidato da En No Gyoja, sul monte Katsuragi.

Villaggio: Paese del Tè
Membri conosciuti: Fukusuke Hikyakuya, Kyuroku Wagarashi

La famiglia Wagarashi è la rivale della famiglia Wasabi. Per molti anni sono stati in conflitto per la proprietà del porto Degarashi, così hanno deciso che l'assegnazione sarebbe dipesa dall'esito della corsa Todoroki. La famiglia Wagarashi per vincere aveva corrotto il giudice, ma venne scoperto dal Daimyo del Paese del Tè, così l'assegnazione del titolo va alla famiglia Wasabi.

Villaggio: Paese del Tè
Membri conosciuti: Jirocho Wasabi,  Idate Morino

La famiglia Wasabi è la rivale della famiglia Wagarashi. Per molti anni sono stati in conflitto per la proprietà del porto Degarashi, così hanno deciso che l'assegnazione sarebbe dipesa dall'esito della corsa Todoroki. Vincendo per merito di Idate la famiglia Wasabi diventa la famiglia più importante del Paese del Tè.

Villaggio: Nessuno
Membri conosciuti: Hoki (Mousou), Nagare, Hokushin

I Ninja Watari erano un gruppo di Ninja traditori che si spostavano di villaggio in villaggio per imparare altre tecniche. Il capo del clan, Hoki, decise così di spostarsi nel Paese degli uccelli ed appropiarsi del trono uccidendo Owashi. Durante la saga filler in cui compaiono si vedono molti ninja con la maschera, che riuscivano a restare sul tetto senza problemi ed avevano buone abilità in combattimento. i 3 ninja più forti erano sicuramente Hokushin, molto abile nell'usare la spada, Nagare, capace di assimilare la tecnica del funerale di sabbia di Gaara, e Hoki, che riesce ad usare Genjutsu, usare tecniche di Zabuza e copiare la tecnica del controllo dell'ombra.