Sarada sente molto la mancanza di suo padre e siccome non le vede mai inizia ad avere dei dubbi.

Boruto ricorda la nomina di suo padre ad Hokage, quando Himawari si arrabbiò e risvegliò involontarimante il Byakugan.

Sarada si trova alle prese con il pupazzo smarrito di una bambina.

E' tempo di esami all'Accademia: essendo Iwabe bravo nei ninjutsu ma carente nella teoria mentre Denki bravo nello studio ma impacciato nella pratica, i 2 collaborano e si impegnano a fondo per colmare le proprie lacune. Il giorno dell'esame vi è un incendio ed i 2 lo spengono saltando la prova ma le loro gesta vengono ricompensate.

Mentre le vite di Boruto e compagni tornano alla normalità in una lontana dimensione qualcuno, collegato a Kaguya Otsutsuki, si prepara a venire sulla Terra.

Boruto fa breccia nel buon cuore di Sumire, ricordandole i suoi bei momenti all'Accademia e mostrandole il legame affettivo fra lei e la Nue. Quest'ultima si sacrifica per far uscire illesi Sumire Boruto e Mitsuki dalla dimensione parallela e tutto si risolve per il meglio.

La bestia demoniaca chiamata Nue, che si ciba di chakra negativo, viene liberata e l'artefice di tutto è Sumire, figlia di un defunto membro della Radice e sacrificata alla distruzione del Villaggio. Boruto e Mitsuki affrontano la ragazza, intenzionata a portare a termine la sua missione.

Osservando Boruto Mitsuki rivive dei vecchi ricordi e trovandosi ancora più connesso con l'amico gli rivela sapere chi si cela dietro l'attacco dei fantasmi: intanto il letto di Sumire, ferita all'ospedale, è vuoto.

Un uomo mascherato, apparentemente causa degli attacchi del fantasma, fa la sua comparsa ma i ninja non riescono a catturarlo. Il mostro che compare sempre nel fantasma annuncia l'arrivo della Nue grazie al chakra negativo delle persone deboli.

I casi di attacco da parte della misteriosa aura (ribattezzata fantasma) diventano così frequenti da trasformarlo in un serio problema. L'Hokage ed i suoi uomini vicini scoprono avere a che fare con vecchi esperimenti della Radice con le cellule di Hashirama.

Boruto non possiede il Byakugan ma tutti comprendono esserci qualcosa in ballo: nel frattempo la misteriosa ombra, dopo un'ennesimo caso, ha sempre più le sembianze di un mostro.

Toneri appare in sogno a Boruto per rivelargli l'importanza dei suoi occhi e dopo questo evento il ragazzino finalmente riesce a vedere il suo occhio speciale: credendo sia Byakugan decide di mostrarlo ai suoi genitori.

Un ragazzo interessato alla capoclasse di Boruto viene colpito dalla misteriosa aura oscura e dopo questa esperienza tutti comprendono che dopo questi avvenimenti le persone vengono derubate del chakra.

Shino, posseduto dal misterioso chakra, tenta di uccidere i suoi allievi, ma dopo una prima fuga e con mille difficoltà i ragazzini riescono a far rinsavire il loro insegnante. Dopo l'accaduto Shino comunica all'Hokage di quella "possessione" perciò Naruto e Shikamaru si rendono conto della gravità della situazione ed iniziano a fare delle indagini.

Arriva il nuovo studente Mitsuki dal Villaggio del Suono, un ragazzo molto strano, molto forte e misteriosamente interessato a Boruto, inoltre anch'egli in grado di vedere le aure oscure. Questa stessa aura un giorno colpisce Shino, in un momento di depressione ed il giorno dopo attacca Boruto Shikadai e Mitsuki.