Naruto Uzumaki, dopo aver finalmente conseguito il diploma, si dirige all'Accademia Ninja per essere assegnato a una squadra di tre elementi

Dopo aver fatto la foto per il suo documento d'identità ninja, Naruto si trova nel bel mezzo di un attacco fallito al terzo Hokage da parte di Konohamaru, nipote di quest'ultimo.

Naruto Uzumaki è un orfano che per attirare l'attenzione e non essere ignorato ne combina di tutti i colori. Il giorno prima dell'esame di diploma all'Accademia, viene scoperto a vandalizzare le facce di pietra degli Hokage dal maestro Iruka, che lo costringe a pulire il monumento con in premio un ramen per cena. Naruto esprime il suo desiderio di diventare il più forte Hokage di sempre in modo da essere riconosciuto dagli abitanti del Villaggio della Foglia in cui abita. Il giorno dopo, Naruto fallisce miseramente il test e viene bocciato per la terza volta.

Mitsuki  è un essere umano sintetico creato a sua immagine e somiglianza da Orochimaru come figlio, assieme a quello che può essere considerato suo fratello maggior e clone, Log. Trasferitosi al Villaggio della Foglia e diplomatosi all'accademia, viene assegnato al nuvo Team 7, assieme ai compagni di squadra Boruto Uzumaki, Sarada Uchiha ed infine Kawaki.

Sarada Uchiha è una kunoichi del Villaggio della Foglia e un membro del Clan Uchiha, figlia di Sasuke Uchiha e Sakura Haruno. Poichè cresciuta senza una figura paterna, Sarada passa la sua infanzia a cercare di capire chi realmente sia e di cosa sia in grado di fare. Quando Sarada domanda al padre se i suoi sentimenti sono davvero legati a quelli di Sakura, Sasuke le dice che è lei la prova del loro legame e del loro amore

Boruto e suoi compagni tentano di fuggire dalla prigione con una barca, quando all'improvviso compare Tsukiyo e....

Nei volumi 3 e 4 di Boruto: Naruto Next Generations andò in scena l'arco dei banditi Mujina. Con una durata complessiva di cinque capitoli, si pensava che anche l'anime, come annunciato al Jump Festa del 2020, avrebbe narrato queste storie. Finora non è stato così, dato che lo Studio Pierrot ha preparato altri episodi filler.

Boruto Uzumaki è un genin del Villaggio della Foglia, membro del Clan Uzumaki e del Clan Hyuuga. Boruto è il figlio di Naruto Uzumaki e di Hinata Hyuuga, e il fratello maggiore di Himawari. Dopo essersi diplomato all'accademia, viene assegnato al  nuovo Team 7 insieme a Sarada Uchiha e Mitsuki. 

Benga scoprendo dell'evasione si mette alla caccia di Boruto e compagni, compromettendo il loro piano, mentre Sarada viene salvata da Kedama che le rivela dell'alta marea sotto la prigione.
Il team 7 riesce a liberare Kokuri e sopraffare Benga ma quest'ultimo libera Tsukyio, che prima di raggiungere i ragazzini uccide il capocarceriere.

Il Team 7 con Kokuri si preparano all'evasione ma vengono visti da Kedama; Mitsuki parlando con lui scoprirà essere un uomo rassegnato che non rivelerà niente a nessuno. Più tardi Sarada viene scoperta da Benga e messa al tappeto prima che possa fare la sua parte per la riuscita dell'evasione, scena vista nuovamente da Kedama ed ora è combattuto sull'avvertire Boruto o meno.

Kawaki è un umano modificato con la tecnologia scientifica ninja dell'Oraganizzazione Kara. Da giovane Kawaki viveva con un padre violento e quest'tultimo vendette suo figlio a Jigen che ne divenne il padre adottivo. Kawaki viene ritrovato privo di sensi dal Team Konohamaru e Katasuke Tono dopo che questi si sono scontrati con Koji Kashin.

Jigen è il capo dell'organizzazione Kara ed è anche il contenitore di Isshiki Otsutsuki. In un tempo non ben precisato Jigen divenne il contenitore di Isshiki, ottenendo così il Karma. Successivamente in un tempo non specificato Jigen divenne il padre adottivo di Kawaki.  A causa della perdita del contenitore dell'organizzazione, Jigen ha tenuto un incontro con gli altri membri del Kara per discutere della situazione. Mentre ha dissipato il Genjutsu, Jigen ha detto che il loro gruppo deve recuperare il contenitore a tutti i costi.

Il team 7 scopre che Kokuri è una brava persona trovatasi a sua insaputa immischiata con la banda Mujina e che li ha derubati per poi donare il denaro in beneficienza. Mentre i documenti per il rilascio dell'uomo sono quasi ultimati il direttore Mujo si ammala e Benga, con combutta con Tsukyio, prende il suo posto e si prepara a spostare Kokuri dove dei detenuti della banda Mujina potranno ucciderlo: a Boruto non resta che far evadere l'uomo.

Toneri Otsutsuki è un diretto discendente di Hamura Otsutsuki. Appartenente al Clan Otsutsuki, non possiede gli occhi. Due anni dopo la fine della quarta grande guerra ninja, per motivi sconosciuti la luna si sta avvicinando sempre più alla terra.

Urashiki Otsutsuki è un uomo misterioso, discendente del Clan Otsutsuki. Viene rivelato da Urashiki stesso che, per millenni, insieme a Momoshiki e Kinshiki, gli unici altri sopravvissuti del Casato Principale del Clan Otsutsuki, si nascose tra i mondi e le dimensioni, continuamente in viaggio. I tre inoltre, spiavano in segreto l'operato di Toneri Otsutsuki.