Per le serie Naruto e Naruto Shippuden sono stati realizzati complessivamente 10 film, più uno per la serie Boruto.

Jiraiya intrappola in una barriera uno dei corpi di Pain e lo sconfigge. Egli si accorge che in passato lo aveva già affrontato, procurandogli una cicatrice sulla fronte. L'eremita dice allora a Fukusaku e Shima di tornare a Konoha col corpo dell'avversario, ma il primo si rifiuta e resta al suo fianco. Jiraiya torna ad addrontare Pain e si rende conto che tutti i suoi corpi appartengono a ninja che ha incontrato o coi quali si è battuto in passato. Il ninja leggendario capisce dunque chi è in realtà il suo avversario ma in quel momento viene trafitto da tutti e cinque i corpi rimanenti. Mentre sta per perdere conoscenza riporta alla mente Minato e l'infanzia di Naruto e, ispirato dallo spirito indomito di quest'ultimo, cerca di rialzarsi. I suoi avversari si avventano su di lui per finirlo ma prima che ci riescano egli scrive sulla schiena di Fukusaku un messaggio in codice. La rana riesce a fuggire poco prima che Jiraiya muoia pensando al titolo da dare al suo prossimo libro: "La storia di Naruto Uzumaki".

I cercoteri sono nati dalla divisione del chakra di Juubi, il demone a dieci code. Ogni cercoterio dispone di una o più code, di un chakra illimitato, di forza sovrumana e di una rigenerazione immediata. Queste abilità, però, variano a seconda del demone. Inoltre non tutti i cercoteri sono in grado di usare efficacemente le loro capacità. Il Chakra dei demoni generalmente è di colore rosso come è stato visto per le forze portanti del nove, del otto e del sei code.

Il Summit dei Kage è un'importante riunione dell'anime manga Naruto. Questa riunione è stata convocata dopo l'attacco dell'Akatsuki ai danni di Killer Bee e Naruto Uzumaki, le ultime due forze portanti rimaste. Madara Uchiha, la persona dietro alle azioni di Akatsuki ha inviato Pain e Konan a catturare la Volpe a nove code, e il Team Taka al Villaggio della Nuvola per il Bue a Otto Code. Tuttavia, entrambi i team hanno fallito nell'impresa (Pain arriva a rimediare ai danni causati a Konoha, riportando in vita le vittime uccise da lui stesso). Il Raikage, preoccupato per la sorte del fratello Bee, convoca lui stesso il consiglio, mandando gli emissari a Konoha. Danzo, in qualità di reggente Hokage, parte per il paese del ferro, dove si terrà il summit.

Deidara fa detonare il suo Garuda C4 che sparge nell'atmosfera milioni di microscopiche bombe che distruggono ogni essere vivente con il quale vengono a contatto, compreso Sasuke. Essendo convinto di aver ottenuto la vittoria, il ninja abbassa la guardia e viene colpito dal Chidori del suo avversario. Sasuke spiega a Deidara di avergli fatto solo credere di essere stato colpito tramite l'uso delle arti illusorie. Il componente dell'Organizzazione Alba rivela però di essersi allenato per rendere il suo occhio sinistro immune allo Sharingan ed intrappola il suo avversario in una sfera di creta C4. Sasuke riesce a sfuggire anche a questa trappola grazie alla sua abilità di usare il chakra di tipo fulmine, superiore a quello di tipo terra impastato nelle bombe. Guidato dallo smodato desiderio di vedere la paura negli occhi del suo avversario, Deidara utilizza il suo attacco finale e si fa esplodere, polverizzando ogni cosa intorno a sé.

Sasuke domanda ai due dell'Organizzazione Alba dove si trovi Itachi e colpisce Tobi che, con sua grande sorpresa, rimane impassibile. Deidara decide di testare le capacità del suo avversario usando la sua creta esplosiva di livello C1, ma Sasuke sfugge all'esplosione risultante e costringe il ninja rinnegato ad utilizzare il suo Dragone C2. Deidara e Tobi portano dunque un attacco combinato che non impensierisce il loro avversario il quale distrugge senza difficoltà il Dragone. Deidara riporta alla mente la sconfitta subita in passato da Itachi e, preso dalla rabbia, decide di usare il suo Garuda C4.

I ninja della Foglia si dividono in più gruppi, ognuno dei quali viene accompagnato dai cani di Kakashi. Anche Sasuke ed i suoi compagni si separano. Naruto, Hinata e Yamato incontrano Kabuto e questi regala loro un libro contenente informazioni sull'organizzazione Alba. Dopo la morte di Orochimaru il ninja si era sentito privato della sua identità ma, pensando a Naruto, aveva trovato una soluzione: il trapianto di un braccio di Orochimaru su di sé. Questo sta lentamente prendendo possesso del corpo di Kabuto. I tre cercano di catturare il ninja, ma questi fugge via. Nel frattempo Deidara e Tobi trovano Sasuke e Deidara lo attacca.

Il corpo di Orochimaru è in condizioni critiche ed egli è impaziente di eseguire il rituale di reincarnazione su Sasuke. Al Villaggio della Foglia, Tsunade riceve conferma che il Trecode ed il team inviato sul posto sono scomparsi, probabilmente per mano dell'Organizzazione Alba. Nel frattempo, Orochimaru viene attaccato da Sasuke che afferma di non avere più nulla da imparare da lui e di non apprezzare i suoi metodi. Il Ninja Leggendario mostra, dunque, il suo vero aspetto, un enorme serpente, composto a sua volta da serpenti bianchi, e si lancia contro Sasuke reclamandone il corpo. Quando Orochimaru intrappola Sasuke nella morsa di un cumulo di serpenti, il giovane rilascia la forma più evoluta del Segno maledetto liberandosi facilmente.

(Episodio in parte tratto dal manga) I ninja della Foglia tornano al rifugio con Yuukimaru. Tuttavia il ragazzo fugge la notte seguente perché ha capito che Guren, salvata da Gozu, è ancora viva e si reca da loro. Naruto lo scopre e non lo ferma, dicendo agli altri che è meglio così. Intanto un gruppo di ANBU viene inviato sul posto da Tsunade per sostituire i tre team che tornano al villaggio. Arrivano al lago anche Tobi e Deidara che si sbarazzano facilmente dei ninja e catturano il Trecode con altrettanta facilità.

Kigiri, Nurari e Kihou tentano un ultimo attacco contro gli altri. Kabuto confessa di aver ucciso Rinji in precedenza ed evoca il suo cadavere per farlo combattere contro Guren mentre lui combatte contro Naruto. Guren riesce a bloccare l'avversario e si sacrifica per sconfiggerlo, scatenando così Yuukimaru e il Trecode. Quest'ultimo si libera dalla barriera e travolge Kigiri, Nurari e Kihou. Naruto tenta di fermare il Cercoterio e, dato che non può utilizzare nuovamente il Rasen-Shuriken, evoca Gamakichi (che rivela di saper utilizzare l'arte del Fuoco) e Gamatatsu per creare una tecnica combinata a tre. La loro tecnica ferma il Trecode.

Mentre i ninja della Foglia si preparano nuovamente a sigillare il Cercoterio, Sai porta Yuukimaru al sicuro ma gli uomini di Rinji gli tendono un'imoscata e portano via il ragazzo. Kiba, Rock Lee e Ten Ten riprendono i sensi dopo essere stati battuti da Kigiri, Nurari e Kihou e trovano Sai. Intanto gli altri vengono nuovamente attaccati dai tre che stavolta sono nettamente più forti e mettono in difficoltà Kakashi, Yamato e Shino. Anche Naruto e Guren si risvegliano altrove mentre Rinji costringe Yuukimaru ad utilizzare nuovamente il suo potere.

I ninja della Foglia e Yuukimaru localizzano la posizione del Trecode e si preparano a salvare Guren e Naruto. Questi cominciano a collaborare per cercare l'uscita e sfuggire all'attacco dei piccoli Trecode. Guren approfitta della situazione per raccontare a Naruto di quando lei uccise la madre di Yuukimaru per volere di Orochimaru, nonostante le avesse salvato la vita. Yuukimaru riesce ad indicare ai due la via di uscita tramite delle camelie.

I ninja della Foglia portano Yuukimaru al sicuro e si dividono nuovamente: Sakura, Ino, Ten Ten, Rock Lee e Shino restano a guardia del ragazzo, mentre gli altri vanno a cercare Naruto. Quest'ultimo si sveglia nello stomaco del Trecode e, dopo aver incontrato Guren, subisce l'attacco da parte di piccole creature simili al cercoterio. I due sono costretti a scappare. Nel frattempo Kihou, Kigiri e Nurari vengono raggiunti da Kabuto che risveglia nel loro corpo il Sigillo Maledetto ed ordina loro di recuperare il ragazzo. Yuukimaru individua Guren e Naruto che, nonostante siano ancora avversari, cercano di uscire insieme dal Trecode. Naruto crea un elevato numero di cloni per cercare un'uscita.

Rinji raggiunge Yuukimaru che sta cercando di proteggere Guren. Il ragazzo utilizza tutta la sua energia ma il Trecode riesce comunque ad attaccare. Yuukimaru viene trovato svenuto in riva al lago da Kakashi, Sai e Shino che lo portano al sicuro mentre Kabuto li spia. Nel frattempo Naruto incontra Guren che sta combattendo contro il Trecode ed aiuta la donna a sconfiggerlo. Purtroppo il Cercoterio li attacca nuovamente e i due vengono divorati.

Guren fa ritorno al lago con Yuukimaru e Kabuto e decide di fermare lei stessa il sigillo del Sanbi per paura che Kabuto sfrutti nuovamente i poteri del ragazzo. Con l'aiuto di Rinji, riesce ad interrompere la tecnica del team di Shizune ed il Cercoterio attacca. Prima che possa colpire Guren, Yuukimaru lo ferma. Si rivela dunque il piano di Orochimaru: manipolare Yuukimaru affinché, spinto dall'amore per Guren, utilizzi il suo potere spontaneamente. Tobi, avvistato il Cercoterio, corre a chiamare Deidara.