Boruto Uzumaki (???????, Uzumaki Boruto) è un genin del Villaggio della Foglia, membro del Clan Uzumaki e discendente del Clan Hyuga. Boruto è il figlio di Naruto Uzumaki e Hinata Hyuga, e il fratello maggiore di Himawari. Dopo essersi diplomato all'accademia, viene assegnato al Team Konohamaru insieme a Sarada Uchiha e Mitsuki. 

Boruto è in ritardo per la Cerimonia di Ingresso all'Accademia, ma si imbatte in Denki e attivando inconsapevolmente il potere del suo occhio destro, percepisce un'ombra oscura dentro di lui. Denki attrae i suoi bulli in un vecchio treno mal funzionante. Denki gli dice che ha messo quel treno su un corso di collisione contro un altro treno difettoso. Dopo aver seguito Denki, Boruto si fa vivo e dice a Denki di smetterla, percependo di nuovo un'influenza negativa in lui. Le parole di Boruto riescono a liberare Denki dall'influenza maligna, e i due si mettono all'opera per fare fermare il treno e salvare tutti quanti. Boruto e Denki interrompono la cerimonia di ingresso, facendo scontrare il loro vagone contro il volto di pietra di Naruto. Boruto ritorna dalla sua sospensione dopo due settimane e viene accolto freddamente dai suoi compagni di corso e non appena mette piede in classe gli altri studenti cominciano a spettegolare su di lui, circa il disastro che ha combinato giorni prima. Inojin dice chiaramente che cosa tutti gli altri stanno pensando a Boruto. Boruto lo saluta e gli tende la mano per amicizia, ma Inojin rifiuta di rispondere al gesto, considerandolo poco affidabile. Boruto tenta di fare amicizia con un certo Iwabee Yuino, ma il ragazzo apprendendo di chi è figlio, lo respinge maleducatamente e inizia a minacciarlo.

I due si affrontano in un duro scontro. Durante lo scontro Boruto riesce a fare ragionare Iwabee?, che continua a lamentarsi della sua situazione, sottolineando la contraddizione delle sue opinioni, in quanto il ragazzo non si è mai applicato veramente nello studio e ha deciso di scaricare le sue colpe sugli altri. Boruto riesce a sopraffare Iwabee? grazie alla tecnica della moltiplicazione del corpo, così il ragazzo si ritrova costretto a dovere adoperare la sua arma, evocando l'elemento della Terra e creando un martello di roccia. Inojin Yamanaka però usa la Tecnica dell'Ultra Illustrazione Animale per sottrargli l'arma, sottolineando che Iwabee ha appena infranto la sua promessa. Il giorno successivo, Iwabee? avendo imparato da Boruto, inizia nuovamente a frequentare le lezioni, deciso a diplomarsi. Boruto, Shikadai e Inojin fanno la conoscenza di Metal Lee, un talentuoso ninja che commette talmente tanti errori quando è nervoso che talvolta rende le cose peggiori per gli altri. Boruto nota tramite il suo occhio destro, che anche il ragazzo è posseduto dalla stessa oscurità che aveva perseguitato Denki qualche settimana prima. Infatti Metal inizia ad attaccare Shikadai. Boruto e Inojin corrono in suo soccorso e Metal incomincia ad attaccare anche loro, poi insegue i tre attraverso l'Accademia. Shikadai escogita allora una strategia. Metal viene improvvisamente liberato dal controllo dell'ombra, così il giorno successivo, Boruto, Shikadai e Inojin invitano Metal a giocare con loro ai videogiochi per aiutarlo a calmarsi un pò. 

Shino domanda l'aiuto di Konohamaru per dare una dimostrazione pratica alla sua classe circa la Tecnica del Richiamo. Konohamaru evoca così Gamagorou, uno gigantesco rospo, scatenando lo stupore di tutti i presenti, ad eccezione di Boruto. Quando accusato di gelosia da parte di Chocho, il ragazzino, infastidito che tutte le attenzioni siano improvvisamente ricadute su di lui, ruba il rotolo di evocazione dei rospi che il "fratellone" porta sulla schiena per utilizzare la Tecnica del Richiamo. Boruto però non riesce ad evocare un bel niente, e Sarada sottolinea quanto sia stato stupido il suo comportamento. Shino e Konohamaru gli spiegano quindi che per evocare una creatura, serve innanzitutto scrivere il proprio nome sul rotolo e poi stringere un patto di sangue con una bestia di un'altra dimensione, altrimenti non si attiva. Shino proclama una sfida a colpi di ninjutsu tra i ragazzi e le ragazze, che dovranno riuscire a mettere le mani su una bandiera rossa custodita sulla torre dell'Accademia. Sia i ragazzi che le ragazze riescono ad arrivare contemporaneamente sul tetto, così Boruto, che ha rubato un rotolo di evocazione da una camera dell'Accademia, utilizza la Tecnica del Richiamo con l'intenzione di evocare un grosso rospo come quello di Konohamaru e spaventare le ragazze. Invece appare una misteriosa e oscura creatura che, con la sua coda di serpente, getta Chocho giù dal tetto. Boruto, Shikadai e Inojin riescono a prenderla appena in tempo, mentre Konohamaru, arrivato in scena, sconfigge la bestia utilizzando un Rasengan. Nel pomeriggio, Boruto si scusa per avere messo a rischio la vita di Chocho. La bambina però non è offesa, e gli rivela che lentamente i ragazzi stanno iniziando a guadagnarsi la sua fiducia e la sua simpatia. Anche Sarada e Boruto hanno modo di chiarirsi. Facendo pace, i ragazzi invitano le ragazze ad andare a mangiare qualcosa tutti insieme.

Shino introduce alla classe Mitsuki, il nuovo studente che proviene dal Villaggio del Suono, a dimostrazione del legame di amicizia che unisce la Foglia al Suono, adesso diventato un villaggio ninja proprio come tutti gli altri. Per qualche strano motivo, Mitsuki desidera piacere a Boruto Uzumaki e diventare suo amico. Durante i combattimenti di allenamento, Mitsuki chiede di potere affrontare Iwabee e il ragazzo, desideroso di testare le capacità del ragazzo per stabilire chi sia il più forte, accetta, raccomandandogli di non risparmiarsi. In pochi attimi, grazie alla sua velocità e agilità, Mitsuki mette in ginocchio lo sfidante e si attacca a lui, portandogli entrambe la mani contro il collo e iniziando a stringere. Iwabee sta per soffocare, ma Boruto riesce a strapparglielo di dosso, mentre Shino è costretto a sospendere l'incontro. Boruto domanda al nuovo arrivato cosa accidenti gli sia preso, così Mitsuki triste per avere deluso il suo amico, decide di scusarsi con Iwabee.  

Il giorno successivo, Shino organizza una festa di benvenuto per Mitsuki. Improvvisamente nella loro classe, dove si stanno svolgendo i lavori di ristrutturazione, i ragazzi odono un'esplosione. Boruto riesce a catturarne il colpevole, ma i due finiscono per cadere da una finestra del palazzo e solo l'intervento di Mitsuki, che utilizza l'arte del Vento per arrestare la loro caduta, riesce a salvarli. Boruto e Mitsuki diventano ufficialmente amici. All'alba Boruto, Shikadai e Mitsuki vengono convocati dal maestro Aburame in un punto solitario della foresta che avvolge la Foglia, dubbiosi e incerti su cosa stia per accadere. Quando Shino li raggiunge, i ragazzi notano immediatamente che c'è qualcosa di strano in lui e senza perdere altro tempo, il maestro dà il via alla loro "ultima lezione". Il maestro inizia ad attaccarli e a inseguirli per tutta la foresta utilizzando i suoi insetti. Soltanto collaborando insieme i tre ragazzi riescono a liberare Shino dalla possessione dell'ombra. Più tardi, Shino si scusa per averli attaccati e gli studenti si scusano per averlo ridicolizzato, riconoscendo la sua vera forza.

Mitsuki rivela a Boruto di avere scoperto l'identità di colei che manipola lo spettro che da mesi sta attaccando la città: Sumire Kakei. Subito dopo aver capito che la sua identità è stata rivelata, Sumire ha lasciato l'ospedale, con l'obiettivo di completare la sua missione e distruggere il Villaggio della Foglia. In definitiva è stata scoperta anche da Sai Yamanaka e dalla sua squadra, che tentano di fermare ad ogni costo. Nonostante Sai riesca a stordirla, Sumire riesce lo stesso ad evocare la pericolosa Nue, attivando il sigillo che ha sulla schiena. Mentre gli shinobi si occupano della creatura, Sumire riesce a fuggire via ma si ritrova di fronte Mitsuki, intenzionato ad ucciderla. Quando i due cominciano a combattere, Boruto riesce ad interromperli e non credendo ai suoi occhi, chiede a Sumire spiegazioni. Sumire afferma che la sua intera esistenza è sempre stata finalizzata a vendicare la morte di Danzo, un obiettivo che il padre non era riuscito a portare a termine. Quando Boruto intervenne in un altro scontro tra i suoi due amici, il potere del suo occhio si aziona inspiegabilmente attivando un jutsu spazio temporale che risucchia la Nue e gli stessi ragazzi. Boruto e Mitsuki arrivano nel mondo dove la Nue risiede, ritrovandosi faccia a faccia con la creatura, che seppure di dimensioni minori, è comunque un pericoloso avversario. Quando Mitsuki però è intenzionato a sconfiggere la Nue utilizzando la sua arte del fulmine, viene bloccato da una parete d'acqua innalzata da Sumire, intenzionata a proteggere la sua stessa creatura. Boruto cerca di farla ragionare e spiegarle che questa guerra è soltanto di suo padre, ma Sumire racconta loro una dura verità. Sumire e Mitsuki si scontrano di nuovo, lei utilizzando l'Arte dell'Acqua, mentre lui servendosi della sua agilità e dei suoi serpenti. Boruto però, riesce a separarli in tempo prima che qualcuno possa farsi del male. Quando Sumire, grazie alle parole di Boruto, realizza che può scegliere da sola il suo destino, la paura la abbandona e il sigillo sulla sua schiena si spezza. A causa del Gozu Tenno però il mondo in cui si trovano stra per crollare. Sumire vorrebbe lasciarsi morire, colpevole del male che ha causato ai suoi compagni di classe, rivelando che frequentare l'Accademia è stato uno dei momenti più divertenti della sua vita. Boruto però non può lasciare che questo accada e in groppa alla Nue, i tre abbandonano la dimensione attraverso un portale che li riporta al Villaggio. Durante la fine di una lezione all'Accademia Ninja, Boruto dice ai suoi compagni di classe di voler organizzare uno scherzo. Il nuovo team Ino-Shika-Cho cerca di dissuaderlo perché sta per iniziare un incontro tra i 5 Kage. Nessuno si unisce al suo scherzo quindi decide di farlo da solo. Mentre attua lo scherzo, suo padre lo ferma rimproverandolo per quello che stava facendo. Gli spiega che anche tutti gli altri membri del villaggio,ora, fanno parte della sua famiglia e che ha delle responsabilità sulla spalle; anche se capisce i suoi sentimenti. Appresa la notizia dal maestro Shino Aburame che l'esame di diploma dell'accademia avverrà la prossima settimana, Boruto si mostra entusiasta con Mitsuki del fatto che presto potrebbero diventre dei veri ninja. Successivamente Boruto riesce a saltare un allenamento con una copia dell'Hogake nascondendosi tra le strade del villaggio. Sarada lo trova, ma lui le chiede di coprirlo, mentendo al padre Naruto e a Shikamaru, i quali sono sulle sue tracce. Boruto viene però bloccato dalla Tecnica del Controllo dell'Ombra di Shikamaru Nara. Il giorno dopo Boruto viene incaricato dalla madre di consegnare il pranzo a suo padre, che sta partendo per una missione. Arrivati alle porte del Villaggio, Boruto e Mitsuki incontrano Shikamaru, Sarada e Chocho Akimichi ed apprendono la notizia che l'Hokage ha già lasciato il villaggio. Su richiesta di Sarada, affida a lei il compito di raggiungere l'Hokage per consegnargli il pranzo. Arrivati al Villaggio della Nebbia, gli studenti del Villaggio della Foglia in visita, rimangano sorpresi nel vedere quanto Kirigakure sia moderna, industrializzata, tecnologica e spettacolare rispetto alla Konoha alla quale sono abituati. Il gruppo viene accolto ai portali del Villaggio dall'aiutante dell'attuale Sesto Mizukage, il giovane Kagura Karatachi. Quando un gruppo di delinquenti guidati da Shizuma Hoshigaki ruba le sette spade leggendarie di Kirigakure per conquistare il Villaggio e riportarlo ai tempi di guerra in cui era conosciuto come la "Nebbia Insanguinata", Sarada e Boruto decidono di intervenire in segreto, prima che la situazione degeneri. Kagura cerca di fare ragione Shizuma, che crede di essere in grado di scatenare una rivoluzione tramite il potere delle spade, ma l'uomo gli rivela di avere molti l'appoggio di molti daimy? e personalità importanti all'interno del Paese dell'Acqua che non sono d'accordo con con l'attuale amministrazione di Ch?j?ro e di Mei. Dopo la rivoluzione inoltre, Shizuma intende fare di Kagura il nuovo Mizukage, nella speranza che segua le tracce del nonno, il Quarto e sanguinario Mizukage Yagura.  Gli spadaccini di Shizuma cercano di distruggere il memoriale fatto costruire da Mei e Chojuro per ricordare i caduti della Quarta Guerra, ma vengono interrotti dall'arrivo di Boruto, Sarada e Chojuro. Boruto riesce a fare ragionare Kagura sulla sua situazione e il ragazzo si rende finalmente conto di che persona sia in realtà il maestro Shizuma, un uomo codardo desideroso di innescare una guerra per il semplice divertimento di osservare il sangue innocente scorrere. Boruto e Kagura riescono però a sconfiggere Shizuma nonostante egli si sia fuso in una forma mostruosa con la sua spada, arrestando la sua rivoluzione. Iwabee e Tsurushi, il quale porta in groppa Sarada impossibilitata per il momento a camminare, avvertono Boruto che saranno in ritardo per l'appello della sera del maestro Aburame se non si daranno un mano. Iwabee si carica in spalla Boruto, e gli studenti di Konoha spariscono tra la nebbia mentre Kagura si gode la ritrovata pace dei sensi. 

Boruto supera la parte teorica dell'esame finale con il massimo dei voti. Coloro che hanno superato la prova teorica, vengono riuniti dai maestri Anko, Shino e Konohamaru in un punto della foresta che circa il Villaggio della Foglia. I tre spiegano che le regole dell'esame sono molto semplici. Consegnando a ciascuno studente una bandana bianca, precisano che se durante l'esame gli dovesse venire sottratta, verranno squalificati. Allo stesso modo, ciascuno dei tre maestri indosserà un obiettivo. Se gli studenti riusciranno a distruggerlo, costringeranno il maestro in questione ad abbandonare la prova. Con sorpresa da parte di tutti, anche il Sesto Hokage Kakashi fa la sua comparsa sulla scena, spiegando a tutti che l'obiettivo del test sarà quello di sottrargli il campanello che porta legato alla cinta e che il vero compito dei tre maestri, sarà quello di ostacolarli combattendo con tutte le loro forze, in modo da impedirgli di arrivare a lui. L'uomo precisa inoltre di avere a disposizione un singolo campanello, il che vuol dire che solo uno di loro riuscirà a superare l'esame. La prova ha inizio e gli studenti intraprendono tutti strade diverse nella speranza di arrivare a Kakashi senza incappare in uno dei tre insegnanti. Namida e Wasabi, troppo concentrare sul raggiungere direttamente Kakashi, vengono colte alla sprovvista da Konohamaru, che le stordisce con un singolo colpo. Boruto, Sumire, Sarada e Mitsuki le raggiungono. Boruto non ha però voglia di perdere il suo tempo con Konohamaru e, tramite un'azione strategica, riesce a proseguire sul suo cammino insieme a Mitsuki.

Sumire e Sarada sono così costrette ad affrontare Konohamaru, motivate dal fatto che, se riusciranno a sconfiggerlo, l'uomo sarà un problema in meno per i loro compagni. Boruto e Mitsuki vengono ostacolati da Shino, che Mitsuki decide di affrontare al massimo delle sue forze, permettendo all'amico di proseguire. Boruto riesce finalmente a trovare Kakashi e i due iniziano a combattere. Sarada e Sumire utilizzano rispettivamente il potere dello Sharingan e della Nue per affrontare Konohamaru, che dichiara che adesso avrà qualcosa con cui potersi divertire. Mitsuki riesce a sconfiggere Shino, che lo esorta a proseguire per aiutare Boruto. Il ragazzo però è più che fiducioso che per quando lo avrà raggiunto, Boruto avrà già sconfitto il Sesto Hokage e raccolto il campanello. Boruto però, si trova in seria difficoltà. Nonostante abbia dato prova di tutto se stesso, e Kakashi riconosce che le sue capacità siano alla pari di quelle di un Chunin, ma riesce a immobilizzarlo a terra contro il suolo per mezzo di un genjutsu, dichiarando di stare per mettere fine al suo esame. Kakashi spiega a Boruto che, a questo punto, il suo desiderio di volere diventare un ninja semplicemente per potere rimanere con i suoi amici, non basta più. Boruto sarà anche un ragazzino dotato, ma ciò che gli manca è la determinazione, e ciò ha avuto un'influenza negativa anche su tutti i suoi compagni di classe. Boruto si domanda come Kakashi conosca queste informazioni, e lui gli rivela di essere il giornalista Sukea. Kakashi ritiene che l'influenza negativa di Boruto sui suoi compagni di classe li abbia resi inadatti a diventare degli shinobi. Proprio mentre Kakashi sta per sottrarre la bandana a Boruto, Mitsuki e Iwabee attaccano Kakashi, costringendolo a lasciare andare Boruto per difendersi e contrattaccare, permettendo a Boruto di scappare con l'aiuto di Iwabee. Mitsuki però, viene ferito.  

Durante la notte Wasabi, Denki, Iwabee, Mitsuki, Sumire, Metal e Boruto si riuniscono per elaborare una strategia. Mentre Sarada torna all'accampamento, Wasabi sta guarendo Boruto grazie alle sue arti mediche. Namida afferma che l'amica è specializzata in questo campo, ma la stessa Wasabi ammette di non essere realmente portata per questo tipo di cose. Boruto però, dopo la valutazione di Kakashi circa la loro classe e la sua influenza negativa, decide di scusarsi con i suoi amici. Iwabee, Denki e Sumire però riescono a farlo ragionare. Senza di lui, nessuno sarebbe riuscito a conseguire i risultati raggiunti e di certo la stessa Sumire sarebbe morta. Anche Mitsuki, rialzandosi da terra, esprime la sua ammirazione per Boruto, affermando che senza di lui, non avrebbe mai aiutato un amico in difficoltà come avvenuto precedentemente, durante lo scontro con Kakashi. Il gruppo prende nota del limite di ventiquattro ore della prova, e del fatto che alcuni di loro, nonostante siano stati resi incoscienti o sconfitti in combattimento, abbiano ancora le loro bandane. Insieme, giungono alla conclusione che la prova serva soltanto a testare la loro determinazione. Collaborando, i ragazzi riescono a liberare i propri compagni presi in ostaggio e a sconfiggere Anko e Konohamaru, arrivando finalmente ad affrontare Kakashi faccia a faccia. Boruto attacca Kakashi con i suoi cloni d'ombra. Kakashi però li abbatte uno ad uno, scoprendo che in realtà sono i suoi compagni di classe che hanno assunto le sue sembianze. Quando Boruto però riesce ad avvicinarsi abbastanza al Sesto Hokage, dando ai suoi compagni di classe il segnale, tutti si rialzano dalle loro posizioni, combinando le loro tecniche di sigillo in un unico grande f?injutsu combinato. Kakashi utilizza allora contro di loro l'Arte del Fulmine per cercare di liberarsi dalla paralisi, ma i ragazzi riescono a resistere, determinati a diventare a tutti i costi dei ninja. Boruto riesce a sfiorare il campanello prima che la prova giunga al termine, senza però afferrarlo completamente. Gli studenti pensano così di avere fallito, ma Kakashi annuncia invece che tutti quanti sono stati promossi. Kakashi puntualizza che non sarebbero stati in grado di impossessarsi del campanello nemmeno se il cielo si fosse fuso con la terra, ma è stato proprio nel momento in cui hanno collaborato tutti insieme per raggiungere un obiettivo che sono stati promessi. Shino si congratula con loro e rilascia la tecnica di trasformazione applicata sulle loro bandane, rivelando il copri fronte di Konoah. Adesso, sono stati tutti quanti ufficialmente promossi al grado di Genin.

Shino riunisce i suoi studenti per un'ultima lezione, al termine della quale, assegnerà ciascun genin ad una squadra composta da tre membri. Chocho desidera essere assegnata alla stessa squadra di Sarada e allo stesso modo, Boruto spera di venire assegnato nello stesso team del suo migliore amico Shikadai. Purtroppo però, come la stessa Sarada afferma, saranno i maestri a decidere le assegnazioni. Shino spiega che una squadra a tre, indica dei compagni ai quali si può affidare la propria vita e questo perché nelle prossime missioni, il lavoro di squadra potrà fare la differenza tra la vita e la morte. Denki Kaminarimon, Iwabee Yuino e Metal Lee vengono assegnati alla Squadra 5. Wasabi Izuno, Sumire Kakei e Namida Suzumeno costituiranno la Squadra 15. Hoki Taketori, Hako Kuroi e Renga Kokubo faranno parte della Squadra 25. Enko Onikuma, Doshu Goetsu e Tsuru Itoi saranno la Squadra 40. Chocho Akimichi, Shikadai Nara e Inojin Yamanaka costituiranno invece la nuova formazione del leggendario team Ino-Shika-Cho, sotto il nome di Squadra 10, proprio come i loro genitori. Rimasti per ultimi, Boruto Uzumaki, Mitsuki e Sarada Uchiha vengono invece assegnati alla Squadra 7. 

Naruto è sopraffatto con gli impegni da Hokage e raramente passa del tempo con sua moglie ed i suoi due figli. Durante una missione per catturare un panda, Boruto dimostra una grande capacità nell'utilizzo della tecnica della moltiplicazione del corpo, ma discute con Sarada del fatto che sono a caccia di un orso selvatico e non di un panda. Infine i tre concludono la missione con successo grazie sia a Boruto che Sarada, la ragazza però lo rimprovera per essere stato così avventato. Mitsuki si complimenta con lui definendo la sue abilità prodigiose e che non ci si poteva aspettare altro da un figlio e nipote di un hokage. Al loro ritorno Konohamaru fa notare a Boruto che lui rischierebbe di perdere contro Sarada a casa della stirpe Uchiha di quest'ultima, successivamente Konahamaru mostra ai sui allievi il Rasengan.

Inojin si incontra con Shikadai e Boruto per giocare assieme ai videogames dopo avere terminato le loro missioni giornaliere. Quando Boruto offre loro dei trucchi per rendere il gioco più facile, sia Shikadai che Inojin reagiscono con disappunto, scoprendo che il ragazzo ha barato per tutto il tempo. Konohamaru comunica ai suoi genin che li ritiene pronti a partecipare al prossimo esame di selezione dei Chunin. La prima prova, amministrata da Sai, consiste nel rispondere vero o falso ad un quesito. Il quiz è però un tranello, perchè a prescindere dalla risposta, vengono tutti fatti precipitare in un lungo di inchiostro, e solo chi ne uscirà "pulito" potrà passare alla prova successiva. Mitsuki riesce appena in tempo ad utilizzare la sua Tecnica del Corpo Flessibile per afferrare i suoi compagni e portarli in salvo.

I ragazzi riescono così a passare alla seconda prova, che consiste in una competizione tra squadre per riuscire a recuperare la bandiera avversaria senza però perdere la propria. Mentre Boruto rimane indietro per fare da guardia alla bandiera, Mitsuki e Sarada cercano di impossessarsi di una bandiera utilizzando le loro abilità di spionaggio. Quando Boruto viene attaccato dai genin della Nebbia, Mitsuki torna indietro per aiutarlo. Boruto però, utilizzando un'apparecchiatura che gli permettere di alterare tutte le nature del chakra, riesce ad evocare dal nulla un'onda che travolge i suoi avversari. Intanto Sarada, utilizzando il potere del suo Sharingan, individua la barriera avversaria, riuscendo a portare alla vittoria la squadra, che viene ammessa alla prova successiva.

Nella terza fase degli Esami di selezione dei chunin, nel primo incontro Boruto sconfigge barando Yurui, e fa la stessa cosa contro Shikadai nello scontro successivo. Trovandosi in difficoltà, Boruto barando utilizza un dispositivo tecnico, donatogli a inizio esami dallo scienziato Katasuke, tramite cui riproduce molte copie del suo corpo, inducendo Shikadai ad arrendersi. Scoperto da Naruto, Boruto viene squalificato pubblicamente sotto ordine di Naruto stesso. Proprio nello stesso istante irrompono nell' arena degli esami i due membri del Clan Otsutsuki rimasti, Momoshiki e Kinshiki Otsutsuki. Il loro obiettivo è rapire Naruto e prelevare la Volpe a Nove Code dal suo corpo in modo da creare delle speciali pillole che con grandi quantità di chakra permettono loro di rimanere eternamente giovani e potenti.

Trasferiti tutti in una dimensione parallela grazie al Rinnengan di Sasuke, i ninja combattono Momoshiki e Kinshiki. In difficoltà, Kinshiki si lascia eliminare dal suo alleato, assorbendone l'energia e diventando molto più potente. Ripresosi, Naruto prende parte allo scontro, combinando il potere della Volpe a Nove Code al Susanoo di Sasuke, riuscendo ad abbattere l'avversario. Tuttavia Katasuke, infiltratosi nel portale verso l'altra dimensione di nascosto, lancia contro di lui una serie di jutsu che anziché sconfiggerlo fanno riprendere Momoshiki. Boruto si dimostra realmente dispiaciuto per ciò che ha fatto, e infine Naruto riesce a perdonarlo. Soltanto unendo i loro poteri di un Rasengan di proporzioni epiche riusciranno a sconfiggere Momoshiki. Qualche giorno dopo a casa Uzumaki è tornata l'armonia, con Boruto e Naruto ora riconciliati, con grande gioia di Hinata e Himawari. Durante una missione, Boruto dichiara ai suoi compagni di squadra di non odiare più gli Hokage ma comunque di non voler diventare uno di loro, ed anzi di voler aiutare Sarada a coronare il suo sogno di diventare il prossimo Hokage, facendo arrossire la compagna di squadra. In seguito, Sarada e Boruto scoprono che Mitsuki è il figlio di Orochimaru. 

Dopo essere riuscito a sconfiggere Momoshiki con un Rasengan di proporzioni epiche, tutto sembra tornato alla normalità, e Sasuke è pronto ad utilizzare nuovamente il Rinnegan per tornare indietro a Konoha, mentre Naruto nota con una certa ammirazione che il figlio ha ereditato la sua volontà del fuoco. Improvvisamente però, Boruto riesce a sentire delle voci che solo lui sembra potere udire, e il tempo intorno a lui è come congelato. Si ritrova così faccia a faccia con lo spirito del defunto Momoshiki, che il ragazzo riesce a vedere perchè nel suo sangue scorre il potere di qualcuno con il Byakugan. L'uomo gli predice che "quegli occhi così blu", un giorno saranno la sua rovina e gli porteranno via tutto. Boruto non è più una persona ordinaria, da adesso in avanti, avendo sconfitto una tale divinità, il destino ostacolerà con decisione il suo cammino. Mentre pronuncia queste parole, Momoshiki si aggrappa con forza al suo braccio ma, poco dopo, scompare del tutto. Una volta a casa, Boruto si accorge che sul palmo della mano destra ha sviluppato un sigillo romboidale, molto simile al Byakugo di Tsunade e Sakura Haruno. Boruto però, il cui sogno non è decisamente diventare Hokage, si ripromette che affronterà ogni sfida con decisione, rimanendo sempre fedele al suo credo ninja.Poco tempo dopo, Konohamaru gli affida una nuova missione, fare da guardia del corpo a Tento Madoka, il giovane figlio del Daimyo del Paese del Fuoco, Ikkyu Madoka. Durante la missione Boruto mostra diverse tecniche ninja al giovane, inoltre gli insegna a lanciare gli shuriken. A fine missione tra i due giovani nasce una amicizia. Dopo la distruzione del Villaggio della Foglia ad un certo punto Boruto si scontra contro Kawaki sulla Montagna degli Hokage anch'essa in parte distrutta. Kawaki minaccia Boruto di spedirlo dove si trova adesso il Settimo Hokage, quando avrà finito con lui.  

L'aspetto di Boruto è strettamente simile a quello di suo padre, coi capelli biondi, occhi azzurri e i "baffi" in faccia. A differenza di Naruto, pero', ha i capelli più mossi, un viso più rotondo proprio come la madre e solo due "baffi". Anche il colore degli occhi è più chiaro rispetto a quelli del padre; attingendoli al colore più chiaro della madre. Boruto indossa una giacca aperta con la zip nera, che ricorda quella indossata da Naruto per tutta la serie. La giacca presenta sul retro il simbolo del Clan Uzumaki. Sotto la giacca indossa una maglietta bianca con il bordo nero, con una catenina a forma di "Fulmine" che fa riferimento al suo nome. Sotto ha dei pantaloncini neri e dei sandali.

Nel manga che porta il suo stesso nome, Boruto non si presenta più come un bambino ma è un ragazzo, il suo aspetto ricorda molto quello di suo padre. In seguito all'incontro con lo spirito del defunto Momoshiki, sviluppa sul palmo destro un sigillo romboidale simile a quello di Lady Tsunade e di Sakura Haruno. Quando viene attivato si colora di blu e si estende sul braccio fino al volto. Inoltre una volta attivato il marchio, detto Karma, questo scatena il potere del suo occhio destro, il Jougan. Possiede inoltre una cicatrice sull'occhio destro simile a quella di Kakashi e porta con se una spada come quella di Sasuke.   Boruto, come suo padre, è un ragazzo esuberante, vivace, sfacciato, distratto e propenso a fare scherzi. I suoi scherzi, come suo padre da giovane, derivano dal fatto di voler attirare l'attenzione; in questo caso, pero', l'attenzione va al padre che, per via del fatto che è stato eletto come settimo Hokage, si sente escluso da lui. Come suo padre e sua nonna, Boruto ha il vizio di dire il verbo "dattebasa" a fine di ogni sua frase.  Boruto è in grado di utilizzare la Tecnica della Moltiplicazione del Corpo ed il Rasengan Volatile. Boruto crea un Rasengan in miniatura, poco più grande di una sfera, per poi essere lanciato in aria, tramite l'uso dell'Arte del Fulmine. Mentre scivola in aria, la sfera scompare per poi colpire il bersaglio. Questa tecnica è stata sviluppata inconsapevolmente da Boruto Uzumaki mentre si allenava per sviluppare il classico Rasengan, insegnatogli dal suo maestro Konohamaru Sarutobi. Inoltre è in grado di utilizzare anche l'Arte del Vento e l'Arte dell'Acqua. Boruto combatte utilizzando la tecnica del Pugno Gentile, lo stile di combattimento del Clan Hyuga. Da adulto Boruto diventa abile nell'utilizzo della spada. Boruto possiede lo Jougan nel suo occhio destro che gli dona una particolare capacità di vedere ciò che altri non possono vedere, come gli spiriti delle persone morte, inoltre può comunicare con loro. Tale capacità a detta di Momoshiki Otsutsuki è riconducibile al suo sangue Hyuga. Inoltre quando attiva l'occhio, la pupilla del suo occhio destro si colora di azzurro, l'iride si colora di bianco emettendo una luce azzurra, mentre la sua sclera si colora di grigio.