Tutti i 7 corpi usati da Nagato per combattere in realtà erano ninja che hanno come differenza dal corpo nella vita reale i capelli arancioni e i ricettori di chakra che permettono a Nagato di controllarli. Tutti i ninja sono stati incontrati da Jiraiya durante i suoi viaggi, tranne il secondo corpo animale di Pain che è stato visto prima di diventare come gli altri corpi solo da Inoichi.

Il Paese delle Onde è una nazione piuttosto povera, all'interno del Paese dell'Acqua e vicino al Villaggio della Nebbia, e quindi non ha villaggi nascosti. Consiste di un'isola che una volta era anche prosperosa, fino a quando Gat? ci mise gli occhi sopra. Questi monopolizzò le importazioni e le esportazioni dell'isola, che erano cruciali per la propria economia. La prima vera missione del Team 7 si svolse in questo stato, e, con l'aiuto degli abitanti del Villaggio, fu messo fine al periodo del terrore di Gatoo.

Le armi più utilizzate in Naruto sono i kunai, gli shuriken, i senbon e la katana. I kunai vengono di solito utilizzati dagli shinobi come arma di contrattacco, per difesa o anche come arma da lancio per colpire un avversario a distanza. Gli shuriken invece possono essere di varie forme e dimensioni. I più piccoli sono utili per colpire l'avversario a grandi distanze mentre quelli più grandi (come lo Shuriken del Vento Demoniaco), possono anche essere usati per uccidere il nemico. I senbon sono dei piccoli spiedi, utilizzati per la prima volta da Haku, utili per penetrare l'avversario, arrecandogli danni di medie dimensioni. La katana infine è una spada lunga giapponese che è utilizzata spesso per trafiggere il nemico o ferirlo mortalmente. È un'arma prerogativa della squadra ANBU e dei ninja di alto livello.

La Squadra Speciale ANBU (lett. Lato Oscuro) è l'abbreviazione per Ansatsu Senjutsu Tokushu Butai (lett. Forza Tattica Militare Speciale di Assassinio). Il nome è un gioco di parole, in cui i kanji primo e ultimo della frase formano una parola che ha senso anche di per sé. I membri della squadra speciale indossano delle maschere, sia per essere distinti dagli altri ninja che per nascondere la loro identità.

Il Paese del Ferro è un paese gelido e innevato. È rimasto politicamente neutro in ogni guerra dei Ninja. Nonostante questo, il Paese una forza militare incredibilmente forte, che, invece di ninja, è presidiata da samurai. Si trova tra tre montagne chiamate "tre lupi". Il suo leader sembra essere Mifune, il generale del paese.

Per le serie Naruto e Naruto Shippuden sono stati realizzati complessivamente 10 film, più uno per la serie Boruto.

Jiraiya intrappola in una barriera uno dei corpi di Pain e lo sconfigge. Egli si accorge che in passato lo aveva già affrontato, procurandogli una cicatrice sulla fronte. L'eremita dice allora a Fukusaku e Shima di tornare a Konoha col corpo dell'avversario, ma il primo si rifiuta e resta al suo fianco. Jiraiya torna ad addrontare Pain e si rende conto che tutti i suoi corpi appartengono a ninja che ha incontrato o coi quali si è battuto in passato. Il ninja leggendario capisce dunque chi è in realtà il suo avversario ma in quel momento viene trafitto da tutti e cinque i corpi rimanenti. Mentre sta per perdere conoscenza riporta alla mente Minato e l'infanzia di Naruto e, ispirato dallo spirito indomito di quest'ultimo, cerca di rialzarsi. I suoi avversari si avventano su di lui per finirlo ma prima che ci riescano egli scrive sulla schiena di Fukusaku un messaggio in codice. La rana riesce a fuggire poco prima che Jiraiya muoia pensando al titolo da dare al suo prossimo libro: "La storia di Naruto Uzumaki".

I cercoteri sono nati dalla divisione del chakra di Juubi, il demone a dieci code. Ogni cercoterio dispone di una o più code, di un chakra illimitato, di forza sovrumana e di una rigenerazione immediata. Queste abilità, però, variano a seconda del demone. Inoltre non tutti i cercoteri sono in grado di usare efficacemente le loro capacità. Il Chakra dei demoni generalmente è di colore rosso come è stato visto per le forze portanti del nove, del otto e del sei code.

Il Summit dei Kage è un'importante riunione dell'anime manga Naruto. Questa riunione è stata convocata dopo l'attacco dell'Akatsuki ai danni di Killer Bee e Naruto Uzumaki, le ultime due forze portanti rimaste. Madara Uchiha, la persona dietro alle azioni di Akatsuki ha inviato Pain e Konan a catturare la Volpe a nove code, e il Team Taka al Villaggio della Nuvola per il Bue a Otto Code. Tuttavia, entrambi i team hanno fallito nell'impresa (Pain arriva a rimediare ai danni causati a Konoha, riportando in vita le vittime uccise da lui stesso). Il Raikage, preoccupato per la sorte del fratello Bee, convoca lui stesso il consiglio, mandando gli emissari a Konoha. Danzo, in qualità di reggente Hokage, parte per il paese del ferro, dove si terrà il summit.

Deidara fa detonare il suo Garuda C4 che sparge nell'atmosfera milioni di microscopiche bombe che distruggono ogni essere vivente con il quale vengono a contatto, compreso Sasuke. Essendo convinto di aver ottenuto la vittoria, il ninja abbassa la guardia e viene colpito dal Chidori del suo avversario. Sasuke spiega a Deidara di avergli fatto solo credere di essere stato colpito tramite l'uso delle arti illusorie. Il componente dell'Organizzazione Alba rivela però di essersi allenato per rendere il suo occhio sinistro immune allo Sharingan ed intrappola il suo avversario in una sfera di creta C4. Sasuke riesce a sfuggire anche a questa trappola grazie alla sua abilità di usare il chakra di tipo fulmine, superiore a quello di tipo terra impastato nelle bombe. Guidato dallo smodato desiderio di vedere la paura negli occhi del suo avversario, Deidara utilizza il suo attacco finale e si fa esplodere, polverizzando ogni cosa intorno a sé.

Sasuke domanda ai due dell'Organizzazione Alba dove si trovi Itachi e colpisce Tobi che, con sua grande sorpresa, rimane impassibile. Deidara decide di testare le capacità del suo avversario usando la sua creta esplosiva di livello C1, ma Sasuke sfugge all'esplosione risultante e costringe il ninja rinnegato ad utilizzare il suo Dragone C2. Deidara e Tobi portano dunque un attacco combinato che non impensierisce il loro avversario il quale distrugge senza difficoltà il Dragone. Deidara riporta alla mente la sconfitta subita in passato da Itachi e, preso dalla rabbia, decide di usare il suo Garuda C4.

I ninja della Foglia si dividono in più gruppi, ognuno dei quali viene accompagnato dai cani di Kakashi. Anche Sasuke ed i suoi compagni si separano. Naruto, Hinata e Yamato incontrano Kabuto e questi regala loro un libro contenente informazioni sull'organizzazione Alba. Dopo la morte di Orochimaru il ninja si era sentito privato della sua identità ma, pensando a Naruto, aveva trovato una soluzione: il trapianto di un braccio di Orochimaru su di sé. Questo sta lentamente prendendo possesso del corpo di Kabuto. I tre cercano di catturare il ninja, ma questi fugge via. Nel frattempo Deidara e Tobi trovano Sasuke e Deidara lo attacca.

Il corpo di Orochimaru è in condizioni critiche ed egli è impaziente di eseguire il rituale di reincarnazione su Sasuke. Al Villaggio della Foglia, Tsunade riceve conferma che il Trecode ed il team inviato sul posto sono scomparsi, probabilmente per mano dell'Organizzazione Alba. Nel frattempo, Orochimaru viene attaccato da Sasuke che afferma di non avere più nulla da imparare da lui e di non apprezzare i suoi metodi. Il Ninja Leggendario mostra, dunque, il suo vero aspetto, un enorme serpente, composto a sua volta da serpenti bianchi, e si lancia contro Sasuke reclamandone il corpo. Quando Orochimaru intrappola Sasuke nella morsa di un cumulo di serpenti, il giovane rilascia la forma più evoluta del Segno maledetto liberandosi facilmente.

(Episodio in parte tratto dal manga) I ninja della Foglia tornano al rifugio con Yuukimaru. Tuttavia il ragazzo fugge la notte seguente perché ha capito che Guren, salvata da Gozu, è ancora viva e si reca da loro. Naruto lo scopre e non lo ferma, dicendo agli altri che è meglio così. Intanto un gruppo di ANBU viene inviato sul posto da Tsunade per sostituire i tre team che tornano al villaggio. Arrivano al lago anche Tobi e Deidara che si sbarazzano facilmente dei ninja e catturano il Trecode con altrettanta facilità.

Kigiri, Nurari e Kihou tentano un ultimo attacco contro gli altri. Kabuto confessa di aver ucciso Rinji in precedenza ed evoca il suo cadavere per farlo combattere contro Guren mentre lui combatte contro Naruto. Guren riesce a bloccare l'avversario e si sacrifica per sconfiggerlo, scatenando così Yuukimaru e il Trecode. Quest'ultimo si libera dalla barriera e travolge Kigiri, Nurari e Kihou. Naruto tenta di fermare il Cercoterio e, dato che non può utilizzare nuovamente il Rasen-Shuriken, evoca Gamakichi (che rivela di saper utilizzare l'arte del Fuoco) e Gamatatsu per creare una tecnica combinata a tre. La loro tecnica ferma il Trecode.