Naruto ritorna alle cascate e questa volta riesce a superare la prova parlando e confortando la sua parte malvagia. Assieme a Bee e Yamato, la forza portante del Novecode oltrepassa le cascate e raggiunge l'area dove si svolgerà la seconda prova, un tempio sotterraneo. Bee spiega che Naruto dovrà affrontare il Novecode nel suo subconscio dopo avere rilasciato il Sigillo Ottagonale. All'interno della sua mente, Naruto libera la Volpe ed inizia a scontrarsi con lei supportato da Bee. Il ninja della Nuvola spiega al ragazzo che dovrà ingaggiare il demone in un tiro alla fune usando il chakra. Approfittando di una distrazione creata da Bee, Naruto entra in modalità eremitica e cerca di colpire il Novecode con un Rasengan Titanico.

 Felice per aver finalmente conosciuto sua madre, Naruto riprende a combattere contro la Volpe in Modalità Eremitica e riesce a batterla e a rubarle il chakra. Kushina avverte Naruto che il tempo a sua disposizione sta per terminare, ma prima ella vuole raccontare come sono accaduti realmente i fatti riguardo all' attacco della Volpe al villaggio 16 anni fa. Durante il parto di Naruto, Kushina era sorvegliata da Minato in quanto lei era la precedente Forza Portante del Novecode e l' Hokage non voleva rischiare che il sigillo si indebolisse troppo. Nel frattempo, un misterioso individuo mascherato si avvicina al luogo del parto, uccidendo le guardie.

Titoli dei capitoli e cover dei volumi della seconda serie di Naruto

L' attacco di Naruto risulta inefficace e ritenta lanciando un Rasen-Shuriken contro la volpe, riuscendo ad indebolirla ma, quando cerca di estrarre il suo chakra, l' odio del Novecode si fonde con il chakra di Naruto che inizia la trasformazione. All' improvviso appare una donna che si rivela essere la madre di Naruto, Kushina Uzumaki, la quale riesce a fermare la trasformazione e ad immobilizzare la volpe. Kushina inizia quindi a raccontare al figlio della sua infanzia e di come ha conosciuto suo padre Minato.

Non riuscendo a sconfiggere la sua parte oscura, Naruto chiede a Motoi come Killer Bee sia riuscito a superare la prova. Il ninja della Nuvola confidando nel fatto che Naruto sia una forza portante, inizia a raccontare il difficile passato di Bee. Naruto gli chiede se può egli stesso convincere Bee ad aiutarlo, ma Motoi rifiuta confessando che egli in passato tentò di assassinare Bee a causa del rancore che prova verso l'Ottocode, il quale attaccò il villaggio trent'anni prima provocando la morte di suo padre. Naruto si allontana, quando Motoi e Yamato vengono attaccati dal Calamaro gigante. Bee interviene riuscendo a salvare Motoi, che gli racconta la verità riguardo alle sue intenzioni passate. La forza portante risponde all'amico porgendogli un pugno, proprio come facevano da giovani.

La compagnia Megaupload è sotto accusa per violazione di copyright e delle leggi anti-pirateria, provocando una perdita di oltre 500 milioni di dollari a causa della condivisione illegale di film ed altri contenuti.

Naruto e le sue guardie del corpo raggiungono l'isola della Nuvola, che si dimostra essere tutt'altro che un paradiso. I ninja della Foglia vengono attaccati improvvisamente da un calamaro gigante che viene successivamente sconfitto con l'arrivo di Killer B. Naruto scopre che quest'ultimo è la forza portante dell'Ottocode, quindi gli chiede di allenarlo per controllare il proprio cercoterio, ma senza successo. Su consiglio di Motoi, Naruto prova a superare la prima prova alla Cascata della Verità affrontando il suo vero io, un Naruto malvagio e colmo d'odio. Naruto dichiara di non poter riuscire a sconfiggere il suo vero io interiore poichè si accorge che entrambi possiedono stessa forza e stile di combattimento.

Chojuro, per paura di arrivare in ritardo all'icontro con il messaggero di Iwa, si mette a correre sull'acqua, precendo i suoi compagni in barca. Naruto e i suoi accompagnatori fanno una sosta su un'isola sconosciuta del Paese dell'Acqua per aiutare Gai con il suo mal di mare. Sulla stessa isola giungono anche Akatsuchi e Kurotsuchi che sono stati inviati dallo Tsuchikage per parlare con il messaggero di Kiri in modo da rafforzare l'alleanza tra Kiri e Iwa e così anche l' Alleanza degli Shinobi, ma vengono attaccati all'improvviso da un gruppo di ninja della nebbia giudati da Genryu,ma lo scontro tra gli ex bodyguard dello Tsuchikage al summit e Genryu viene fermato sia da Naruto sia da Chojuro,nonstante che Akatsuchi viene ferito proprio da Genryu e proprio Chojuro ordina al team di Genryu di abbassare le armi per ordini della Mizukage. L'ex bodyguard della Mizukage, dopo aver detto che il dottore arriverà fra poco a visitare il amlato, racconta a Naruto e a Kurotsuchi che Genryu prova ancora rancore verso la Roccia a causa di un incidente avvenuto dieci anni fa conosciuto come la "tragedia del Passo di Yosuga", nella quale alcuni ninja della Roccia uccisero i compagni di Genryu, disubbidendo gli ordini delle alte sfere di Iwa. Kurotsuchi arrabbiata per quello che Genryu ha fatto a Akatsuchi, va ad ucciderlo, e proprio quando stava per compiere quel gesto si intromette Naruto e quest'ultimo riesce a convincere sia la kunoichi di Iwa sia lo shinobi di Kiri che la vendetta non serve a niente anche grazie al fatto che Chojuro, consegna a Genryu il bracciale di Suiren, come gesto da parte di Iwa per scusari con Kiri per l'incidente avvenuto dieci anni fa che l'ha ottenuto da Akatsuchi. L'episodio finisce quando Naruto si reca sulla solita nave e quando la nave della nuvola arriva per trasportare i ninja di Konoha.

I cercoteri sono nove grandi demoni. Quelli visti fino ad ora sono leggermente più grandi di Gamabunta, alto a sua volta più di 100 metri. Ognuno ha un numero differente di code. Il demone tasso della sabbia, ad esempio, sembra possedere un livello di chakra diverse volte maggiore rispetto alla quantità di un normale essere umano, mentre il chakra della volpe a nove code è praticamente illimitato paragonato ai normali standard umani oltre ad essere, con tutta probabilità, il chakra più potente in assoluto (anche se lo stesso cercoterio si rivolge a Sasuke dicendogli che il chakra degli Uchiha è più diabolico e malvagio del proprio). Nonostante la loro impareggiabile forza e potenza, tuttavia, non tutti i cercoteri sono in grado di usare efficacemente le loro capacità. Il demone a tre code, per esempio, non possedendo l'intelletto necessario a controllare la propria forza, risulta molto più debole e domabile. Naruto ha speso molto del suo tempo per allenarsi, sotto la guida del maestro Jiraiya, a controllare il chakra della volpe a nove code.
Coloro in cui è stato sigillato alla nascita un cercoterio vengono chiamati forze portanti (Jinchuuriki).

A Konoha, Kakashi riceve da Gai una richiesta di aiuto con il mezzo di piccola tartaruga evoca da lui stesso, così il copy ninja di Konoha parte per la nave del team Aoba per vedere che cosa succede.Durante la notte, Gai racconta a Naruto la volta in cui lui e Kakashi, quando erano ancora genin, divennero rivali per la prima volta, sfindandosi nelle varie sfide, tutte vinte da Kakashi.Dopo che Naruto va a dormire, Gai scambia Kakashi, che nel frattempo aveva raggiunto la nave grazie a Sai, per un clone di alcuni predoni ideali per depredare le navi mercantili come Yamato aveva spiegato, durante un meeting tra Gai e Aoba, iniziando uno scontro con lui, finché Yamato e Aoba riuscirono a convincerlo che quel Kakashi era vero. L'episodio finisce che Gai per sbaglio aveva evocato una tartaruga, mentre aveva il solito mal di mare e Kakashi ringrazia la bestia verde di Konoha per l'eccellente lavoro con Naruto per poi tornare a Konoha.

Kiba, invidioso che Naruto sia diventato più forte di lui, chiede a Kakashi, unico maestro disponibile a Konoha, se lo può aiutare a migliorare le sue tecniche ninja, sottoponendosi in un allenamento speciale. Il capitano del Team 7 accetta la richiesta di Kiba ed evoca i suoi cani ninja e gli spiega che l'allenamento in questione consiste nel sottrarre a Pakkun un rotolo con ogni mezzo. Dopo che Kiba ha subito numerose sconfitte dai cani ninja, Akakmaru lo conduce, con la forza, nella foresta. In quel bosco, il membro del Clan Inozuka ritrova il vecchio albero alla quale lo aveva usato, ai tempi dell'accandemia, con i suoi amici, come trguardo finale di una corsa a tempo e che per l'appunto vinse quella competizione stabilendo il record di 3 minuti e 37 secondi. Grazie a Hinata, scopre che Naruto, lungo gli anni della sua infanzia, tentò di superare il record di Kiba tante volte,finché non ci riuscì da genin a 12 anni. Dopo una bella risata con Hinata, Kiba ritorna da cani ninja e con l'aiuto di Akakamaru riesce a sconfiggere Pakkun e a sottrargli il rotolo. L'episodio finisce quando Kiba rifà la corsa a tempo e stabilisce un nuovo record superando di nuovo Naruto, dichiarando di volerlo superare in forza.

In questo episodio Sai ha un giorno libero e decide così di dedicarsi al suo hobby preferito: la pittura, mentre gira per il villaggio in fase di ricostruzione. Dopo aver visto un litigio tra un bambino ed una bambina , inizia ad avere una serie di flashback da quando per la prima volta membro del team Kakashi, fino a quando Kakashi gli dice che ha fiducia in lui. L'episodio finisce quando usa tre porte scorrevoli di una casa abbandonata per creare l'immagine di una ipotetica e felice amicizia tra lui, Naruto, Sakura e Sasuke che si tengono tutti i quattro per mano.

I membri della vecchia squadra dieci incontrano per caso il vecchio ninja, Kosuke, detto l'eterno genin e iniziano ad avere un flashback di quella volta in cui salvarono Kosuke per due volte consecutive da tre chunin, quando loro ancora genin ed era in vita Asuma. Finito il loro flashback, Kosuke inizia a raccontare ai tre ragazzi la volta in cui Inoichi, Shikaku e Choza, con le loro grandi abilità del gioco di sqaudra riescono a sconfiggere una grande quantità di nemici ai tempi dell'invasione di Konoha da parte del Villaggio del Suono e della Sabbia, durante gli esami dei chunin. L'episodio finisce che i tre ragazzi, dopo aver saluto Kosuke, dichiarano di diventare più forti dei loro genitori in vista della guerra contro l'Akatsuki di Madara.

Tenten combatte contro Rock Lee facendolo cadere in acqua, lei, credendolo spacciato, ricorda di quando erano ragazzi e si allenavano con Neji e il Maestro Gai, ricorda la sua determinazione e il suo sogno di divenare come Tsunade. Tenten, ricorda, inoltre le difficoltà superate da Rock Lee per essere accettato come Ninja da Tsunade e che non voleva permettere di far operare Rock Lee per farlo diventare più forte (l'operazione aveva il 50% di probabilità di riuscita).

ruto vede un coccinella e pensa ad una persona che ha a che fare con gli insetti, ma non si ricorda chi sia. La scena si sposta su Shino che per rispondere alla domanda sulla sua paura di morire in guerra, racconta a dei giovani ninja di un suo scontro in passato con un nukenin della Cascata, che l'aveva sconfitto nel corpo a corpo. Kurenai chiede a Kiba e Hinata di aiutare Shino a riprendersi, dopo giorni di allenamento Kurenai trova il nukenin e Shino questa volta vince lo scontro. Shino conclude dicendo ai bambini che non ha paura di morire perchè potrà sempre contare sui suoi compagni.

Il Villaggio della Cascata (Takigakure no Sato, lett. "Villaggio nascosto nella Cascata") è situato nel Paese della Cascata. È governato da Shibuki, che sembra troppo codardo all'inizio per questo compito. I suoi ninja sembrano essere specializzati in tecniche d'acqua. Si vede per la prima volta nel secondo OAV di Naruto. Kakuzu dell'Akatsuki proviene da questo villaggio. C'erano sei Genin della Cascata (dodici nell'anime) partecipanti agli esami di selezione dei Chunin, nessuno di loro passò la seconda prova. Sembra inoltre che Fuu, la forza portante del Shichibi, catturato e sigillato dall' Akatsuki, fosse originario di questo villaggio, così come il Regno Umano di Pain.

Nel capitolo 467 Madara spiega ai 4 kage (con accompagnatori) rimasti nella riunione e Mifune il suo piano "Occhio di Luna". Per attuarlo ha bisogno di estrarre il chackra dei due Cercoteri dal corpo delle due Forze Portanti che non erano ancora state catturate, ovvero Naruto e Killer Bee. A seguito del rifiuto dei Kage dichiara l'inizio della Quarta Guerra Mondiale dei Ninja (chiamata anche Quarta Grande Guerra).

Il Villaggio Nadeshiko è un villaggio nel Paese dell'Acqua. Il villaggio è abitato solamente da donne, che per avere figli possono uscire dal villaggio e devono affrontare un ninja, che può sposare la donna solo se lei viene sconfitta nel duello.
Il villaggio essendo abitato da sole donne ricorda il sistema delle amazzoni.

Kokuyo vuole avere in sposa Shizuka, una kunoichi del villaggio Nadeshiko, per prendere il controllo del villaggio. Secondo la tradizione del villaggio, per sposare una donna la si deve sconfiggere in duello, ma Shizuka elimina il suo avversario. Tokiwa, la sua assistente, vede Naruto e gli chiede se conosce l'allievo di Jiraiya, perchè il sannin a suo tempo aveva pareggiato lo scontro con la madre di Shizuka. Inizialmente Naruto si rifiuta di battersi per la mano di Shizuka, ma Tokiwa racconta la storia di Shizuka e Naruto si convince, si scontra con lei e la sconfigge. Prima che Naruto possa parlare con Shizuka appare Kokuyo, che riesce a prendere la kunoichi ma Naruto lo sconfigge.